自伝によれば、1kmほど西の代山にあった「蓮台寺能蔵院」を、天文20（1551）年に宗栄法師が現在地に再建したのが始まりとされています。その後、地震や火災など幾度かの災害を乗り越え、本堂は江戸中期、正德5（1715）年、永智法師により再建されました。その後300年を経て、新しい本堂と権現堂が平成24（2012）年に完成しました。